Diversité et rôle des communautés microbiennes dans le fonctionnement des écosystèmes (relations symbiotiques…) : mécanismes de médiation chimique, chimiodiversité associée aux micro-organismes, microbiote associé aux organismes marins et interactions interspécifiques, interaction de cellule à cellule, « quorum sensing », molécules de communication…
Micropolluants organiques émergents et persistants (médicaments, produits de soins personnels, pesticides organiques, toxines alimentaires) : évaluation de toxicité, étude de la biodégradation, développement de biocapteurs
Détection et suivi de bactéries d’intérêt pour la santé humaine : coliformes fécaux, Legionella spp., etc.
Facteurs biotiques (e.g. quorum sensing) et abiotiques contrôlant la dynamique de pathogènes associés aux maladies affectant l’activité aquacole (Vibrio spp. et Aeromonas salmonicida)
